Die PC-Version stammt vom schwedischen Entwickler GRIN und ist ein von der Konsolenversion unabhängiges Spiel. Laut dem Entwickler wird diese deutlich anders spielen als die Xbox 360 Variante. Da einige der folgend genannten Features aus den Entwicklertagebüchern der Xbox 360 Version entnommen wurden, kann es sein, dass diese nicht ganz zutreffen.
Das Spielgeschehen läuft auf beiden Seiten der mexikanischen Grenze ab. Diese unterscheiden sich durch die optisch unterschiedlich gestaltete Umgebung, insbesondere am Grad der Zerstörung. Auf der US-amerikanischen Seite sieht noch alles in Ordnung aus, während auf der mexikanischen Seite die Zerstörung groß ist und noch einige Feuer brennen.
In „Ghost Recon Advanced Warfighter 2“ kommt eine neue und noch realistischere Grafik- und Physikengine zum Einsatz. Somit werden Schatten, Lichteffekte und auch Sonnenstrahlen noch detailreicher und realistischer dargestellt. Neu ist auch eine Tag- und Nacht-Rotation in Echtzeit. Während des Einsatzes bewegt sich die Sonne und die Schatten ändern sich passend zum Zyklus. Außerdem wird es auch dynamisches Wetter geben, sodass auch Regen, Sturm und Gewitter einsetzen werden.
Auch vom Gameplay her hat sich einiges geändert. Die KI wurde weiter verbessert, sodass die Teammates auch die genaue Anzahl und Position der gegnerischen Einheiten nennen. Neu ist zudem ein Sanitäter im Team, der die verletzten Einheiten versorgen kann und schwach bewaffnet ist. Eine wichtige Verbesserung gegenüber „Ghost Recon Advanced Warfighter“ ist ebenso der Raketenwerfer. Diesmal wird es möglich sein, mehrere Raketen mit dem Raketenwerfer abzuschießen, während beim Vorgänger nur ein Schuss möglich war und keine weitere Munition verfügbar war. Dieses wird in einigen Missionen notwendig sein.
Der taktische Aspekt spielt diesmal eine etwas größere Rolle. So können verschiedene Teammates ausgewählt werden, je nachdem wie der Spieler vorgehen möchte. Die Auswahl des Teams kann somit eine große Rolle für die Missionen spielen. Es gibt zwei Modi für die Vorgehensweise: Aufklärung und Angriff. So kann im Aufklärungsmodus die Gegend unbemerkt erkundet werden und der Gegner ins Visier genommen werden, um dann im Angriffsmodus zu stürmen. Zudem sind mehrere Abwurfpunkte gegeben, von denen aus der Einsatz begonnen werden kann. Eine ganz besondere Änderung sind die automatischen Speicherpunkte. Diese wird es, wie auch im Vorgänger, weiterhin geben. Doch nun ist es auch endlich erlaubt manuell zu speichern, sofern sich das Team nicht gerade im Kampf befindet.
Das CrossCom 2.0 bietet weitere wichtige Neuerungen, die die Befehlserteilung etwas erleichtern. Somit können Befehle aus Sicht der Teammates, der Drohne und des Apache Hubschraubers erteilt werden und nicht nur aus der Sicht von Scott Mitchel. Als Verstärkung stehen Infanterie, Kampfjets und Apache Hubschrauber zur Verfügung. Neu ist ein kleines Fahrzeug mit dem Namen M.U.L.E. (die Bedeutung oder Bezeichnung in der deutschen Version ist mir bis jetzt nicht bekannt), welches vom Spieler gesteuert werden kann. Es dient zur Aufklärung und kann auch als Deckung genutzt werden, was sich in der Wüste durchaus als notwendig erweist.